为落实国务院关于修建班禅大师灵塔、保护大师法体和寻访认定转世灵童三项决定，国家财政部门拨出专款7741万元人民币。中央政府和西藏各级政府以及有关部门也积极采取行动。第十世班禅的法体得到了精心保护和安置；灵塔祀殿释颂南捷于1993年9月4日隆重开光。

转世灵童的寻访工作，在第十世班禅圆寂的当年就已开始。1989年8月19日，国务院正式批复了西藏扎什伦布寺通过自治区人民政府转呈的《关于寻访认定第十世班禅额尔德尼·确吉坚赞转世灵童的请示》，批准成立了由第十世班禅的经师嘉雅活佛、扎什伦布寺民主管理委员会部分成员和主要活佛、堪布、高僧以及其他藏区知名大活佛参加的转世灵童寻访工作领导班子，由他们具体领导灵童的寻访工作。同时还组成了以中国佛教协会会长赵朴初和副会长、佛教协会西藏分会名誉会长帕巴拉·格列朗杰为总顾问的顾问班子进行咨询。

灵童寻访领导小组经过多次集体讨论和研究，制订了灵童寻访工作方案，并作出部署。

寻访工作严格按照宗教仪轨和程序进行。程序包括诵经祈祷，观湖显影（通过湖光倒影中显示的一些神秘的景象，把寻访地点形象化），密访聪慧灵异儿童，辨认第十世班禅遗物等活动。

诵经祈祷活动，在西藏、青海、甘肃、四川、云南的各大寺院进行。从19 90年12月至1993年7月，各寺院僧众诵经23种，其中有《甘珠尔经》、《丹珠尔经》等，有的诵经达500多万遍。

为了准确认定转世灵童，明确其降生的方位、属相、地点、吉兆等，寻访人员选择吉日，先后两次观湖。综合两次观湖情况和大师圆寂时面朝北方的迹象，确认了灵童降生方位在扎什伦布寺东部或东北方向，属相应为蛇、马、羊。在此基础上，开始进行实质性的转世灵童对象密访工作。1994年2月24日，寻访领导小组首次派出由高僧大德组成的3个密访小组，赴一些地方进行秘密寻访。通过一年多的寻访，在青海、甘肃、四川、云南和西藏五省区46个县境内，寻访出28名灵异的男童。接着，根据观湖确定的方位、属相、住地特征和实地寻访的情况，特别是男童的不同吉兆，经过认真分析，反复比较，逐一过滤筛选，从28名男童中确定了7名重点候选人。

正当班禅灵童寻访工作顺利进行的时候，达赖插手进行干扰和破坏。1993 年12月以后，达赖多次派人潜入西藏与扎什伦布寺个别人勾结。该寺个别人按照达赖旨意，蓄意拖延寻访工作进程，后又私自将20多名候选男童的名册送给达赖。在中央政府准备批准采用金瓶掣签方式认定班禅转世灵童时，达赖突然于 1995年5月14日擅自宣布一名有争议的儿童为“转世灵童”。

达赖的这一行径，受到寻访小组的坚决反对。扎什伦布寺民主管理委员会名誉主任、寻访领导小组成员生钦·洛桑坚赞发表谈话，认为达赖勾结扎什伦布寺个别人擅自指定转世灵童，完全违背了佛教教义，违背了历史定制，违背了藏传佛教仪轨，违背了十世班禅大师遗愿。他在谈话中强调指出，按历史定制，班禅转世灵童的认定，必须经中央政府批准，进行金瓶掣签，认定灵童真身，应再报中央政府批准。他还指出，达赖擅自指定的“班禅转世灵童”的父母隐瞒实情，假报儿子年龄，将在第十世班禅大师圆寂前出生的男童，谎称是1989年4月底出生，以符合寻访灵童的出生日期。生钦·洛桑坚赞说：“达赖擅自宣布的‘转世灵童’不具备任何入瓶掣签的条件。我们扎什伦布寺民主管理委员会班禅转世灵童寻访小组和广大僧众坚决不同意把他作为入瓶掣签候选灵童。”

1995年11月8日至11日，具有决定性意义的班禅转世灵童寻访领导小组第三次会议在北京召开。全国藏传佛教界主要的高僧大德聚集在一起，就班禅转世灵童寻访认定中的一些重大问题进行了认真、严肃、充分的讨论。参加会议的高僧大德人数之多，在活佛转世历史上是空前的。

全国政协主席李瑞环在会上讲话。他说：“通过6年多的工作可以看出，中央对班禅转世灵童寻访工作是高度重视、认真负责的，是全面贯彻党的宗教政策的，是充分尊重藏传佛教仪轨和历史定制的。”他在谈到达赖的干扰和破坏时指出，“达赖处心积虑地利用班禅转世问题大做文章，其目的就是要改变班禅爱国爱教的传统，为他分裂祖国、搞乱西藏服务。”李瑞环说：“中央认为，条件已经具备，应加强工作，争取早日完成灵童的寻访认定。”

与会人士一致认为，藏传佛教和中国其他宗教一样，必须维护法律尊严，维护人民利益，维护民族团结，维护国家统一。班禅转世灵童的寻访认定，必须遵循宗教仪轨和历史定制，特别是要坚持金瓶掣签和中央政府批准的原则。达赖弄虚作假，擅定灵童，触犯了佛法的根本大戒，他认定的所谓灵童，不符合班禅转世灵童基本条件，必须予以否定。与会的宗教界人士，经过充分酝酿，一致认为，以扎什伦布寺活佛、高僧为主组成的寻访班子，严格按照宗教仪轨和程序，认真寻访提出的3名班禅转世灵童人选完全可以作为参加金瓶掣签的候选对象，恳请西藏自治区政府审核后报请国务院批准。